身密的主要修行就是“结手印”。简单的说就是通过两手十指相互交*结成不同的形状，并配合想象意念形成的修法。密宗手印的种类可谓数以千计，每种都有特殊的含义和作用，例如：吉祥印、金刚大惠印、大轮坛印、摧伏诸魔印、宝冠持宝印、光焰火界印、缚思等仙印、准九头龙印等等，虽然有些手印名字相同，但其结出的形状却大相径庭。像金刚甲胄印就是趋魔护体的一种(如是当以明印想成甲胄，擐于自身遍起光焰，恶心魔类四散驰走)。忍者九印依次为：独占印、大金钢轮印、外狮子印、内狮子印、外缚印、内缚印、知券印、日轮印和隐形印。

对东密而言，透过人体两手十个指头，配上心理想象的意念，契合某一修法，互相结成各个不同的“手印”，便可产生加持修学密法者的效力。密宗理论认为双手十指对外与法界佛性相通，对内与五脏六腑相通，所以修习密法时，结成“手印”，便可与法界中已经成就的请佛菩萨的身密互相感召，增加速成效果，自身也如同获得了佛的神通。除了结手印以外身密还有各种坐势，它和手印一样种类繁多且各具意义，全跏趺坐中的“吉祥坐”与“降魔坐”是忍者常练习的两种。忍者平时经常要配合忍者五道(以后章节另有详述)中的“香”进行吉祥坐、降魔坐的精神集中修炼。

语密又称真言，是通过修习者口诵一串咒文使其心中产生造化物并促使他们异变，利用这种特殊的音符震动身体中的气脉，将心集中于一点上形成超乎寻常的潜能并启发神通与高度的智慧。密宗中真言的数量和手印一样也是种类繁多，例如：火天真言、阎魔王真言、四天王真言、金翅鸟王真言、罗刹众真言、罗刹王真言、加持句真言、三昧耶真言、不动尊真言、金刚甲胄真言等，另外还有五字真言、藏密六字真言、文殊八字真言。

意密是“三密加持”中最重要的一个环节，在整个密法修持过程中，身密和语密都要依*意密才能发挥作用。意密通过“观想”引发意识潜能而达到超然物外的境界。前面我说过忍术的九字真言是一种自我催眠的密术，正如现代魔术表演中魔术师对一位助手施以催眠说：“你是根棒子”，此时即使有人站在助手悬空的身体上他也浑然不知一样。意密利用结手印颂真言的过程集中意念、自我麻痹，他使忍者全身热血沸腾并变的兴奋异常，以至在战斗中可以暂时忘却痛苦，完完全全成为一部全功率运行的杀人机器。