念佛禅在东晋名僧慧远那里得到了进一步的倡导。东晋时，汉代传入的禅有进一步的展开，一代名僧道安和慧远都在这方面作出了重要贡献。慧远是道安的弟子，在佛学上主要发挥道安的般若本无说，但他与道安一样，对禅修的重要性有充分的认识。道安曾明确指出，佛教的戒定慧为一有机的整体。“斯三者，至道之由户，泥洹之关要也。戒者，断三恶之干将也;禅者，绝分散之利器也;慧者，齐药病之妙医也。”其中尤以定慧之关系更为密切，如慧远所说：“禅非智无以穷其寂，智非禅无以深其照，则禅智之要，照寂之谓，其相济也。”

魏晋以前，中土神仙方术盛行，小乘安般禅由于其倡导的禅定修习，许多方法与当时社会上流传的吐纳养气等道家方术相似，因而得到了更多的流行，而大乘佛教义学与禅学却不发达。到魏晋时，随着佛教的进一步发展，人们对禅与智的关系日益有所了解，不仅义学之士迫切地希望能系统了解禅，而且禅的发展本身也对“慧”有了进一步的需求。这样，禅智双运便成为时代的要求，大乘般若学借助于玄学而得到了繁兴，东汉末年即已传入的大乘禅法也重新得以兴盛。

把大乘义学与禅观结合起来理解的重要佛学家，首推释道安，他以自己所理解的般若学来会通禅数之学，使自己成为汉代传入的大乘般若学和小乘禅数之学两大系思想的集大成者。他的弟子慧远则循着其“宅心本无”、“崇本动末”的思路，进一步提出了“反本求宗”、“统本运末”的思想。慧远认为，要达到理想的解脱境界，离不开禅与智，所以说：“三业之兴，以禅智为宗”。他要求以“反本求宗”、神游法性为目标来指导禅观，并通过“洗心静乱”、无思无为来使般若智慧“深其照”，认为禅智双运，就能“统本运末”，达到一种“心不待虑，智无所缘”、“不灭相而寂，不修定而闲”的自然任运的状态。

慧远承汉魏以来的传统，也是从止观两方面去理解禅定的。他在《念佛三昧诗集序》中说：“夫称三昧者何?专思寂想之谓也。思专则志一不分，想寂则气虚神朗。气虚则智恬其照，神朗则无幽不彻。斯二者，是自然之玄符，会一而致用也。”但他与其师道安不同，他所倾心的是大乘念佛禅。在他看来，“诸三昧，其名甚众，功高易进，念佛为先”。当他闻知鸠摩罗什在长安传大乘禅法时，曾致书通好，并问及《般舟三昧经》中的“念佛三昧”，讨论了“禅定”中所见之佛的真假问题。慧远的念佛属于观想念佛，这与后世净土宗提倡的称名念佛有所不同，但由于慧远在倡导念佛的同时，还曾与刘遗民等人在阿弥陀佛像前共同发愿期生西方净土，因此，他仍然被净土宗尊为初祖。值得注意的是，慧远倾心于念佛禅并不仅仅是为了期生西方，而是重在“洗心”、“御心”以达到“冥怀至极，智落宇宙”，这与他“反本求宗”的般若思想是一致的。在慧远看来，心无常规，其变多方，因此，要通过禅观，“齐彼我以宅心”，宅心才能御心，御心才能反本求宗以统本，统本才能运末，统本运末便能任运自然，这就是慧远禅智观的基本思路，它对中国禅宗思想的形成所起的作用是值得重视的。